Xavier De Soultrait ganó la etapa. Barreda Bort abandonó y Quintanilla es el nuevo líder de la general.
De Soultrait que largaba duodécimo, se puso en cabeza en el kilómetro 103 y ya no abandonó la punta del tramo. El francés superó a Pablo Quintanilla en 15 segundos (el chileno es el nuevo líder del Dakar) y al argentino Kevin Benavides, la única buena noticia del día para Honda, en 2 minutos y 37 segundos.
La jornada fue definitiva para Barreda, que abandonó en el kilómetro 134 de la especial al quedarse atrapado en un barranco lleno de piedras y no poder salir. Matthias Walkner, que abría pista pero había sido superado por el español, estuvo también a punto de cometer el mismo error que Barreda.
Quintanilla es el nuevo líder de la general con 11 minutos y 23 segundos de distancia sobre Kevin Benavides y 12:12 sobre Sam Sunderland.
Resultados de la Etapa 3 San Juan de Marcona – Arequipa (Motos):
| Pos | Piloto | Moto | Tiempos |
| 1 | XAVIER DE SOULTRAIT | YAMAHA | 04H 07´42″ |
| 2 | PABLO QUINTANILLA | HUSQVARNA | +00´15″ |
| 3 | KEVIN BENAVIDES | HONDA | +02´37″ |
| 4 | ADRIEN VAN BEVEREN | YAMAHA | +06´42″ |
| 5 | SAM SUNDERLAND | KTM | +08´26″ |
| 6 | PAULO GONCALVES | HONDA | +09´31″ |
| 7 | STEFAN SVITKO | KTM | +10´50″ |
| 8 | ORIOL MENA | HERO | +11´15″ |
Clasificación General finalizada la Etapa 3 (Motos):
| Pos | Piloto | Moto | Tiempos |
| 1 | PABLO QUINTANILLA | HUSQVARNA | 08H 34´28″ |
| 2 | KEVIN BENAVIDES | HONDA | +11´23″ |
| 3 | SAM SUNDERLAND | KTM | 12´12″ |
| 4 | ADRIEN VAN BEVEREN | YAMAHA | 13´29″ |
| 5 | TOBY PRICE | KTM | 15´17″ |
| 6 | XAVIER DE SOULTRAIT | YAMAHA | 16´52″ |
| 7 | RICKY BRABEC | HONDA | 18´02″ |
| 8 | MATTHIAS WALKNER | KTM | 21´14″ |
