El chileno Quintanilla venció en la sexta etapa escoltado por Benavides a 1´52″, ambos hicieron una etapa codo a codo.
Luego del día de descanso las motos volvieron a acelerar en dunas peruanas y durante los 336km de especial estuvieron todos apretados en escasas diferencias. Una etapa de mucha navegación lo dejo a Quintanilla como el ganador con un tiempo de 03H 50´47″ mientras que lo escoltó el argentino Kevin Benavides realizando una gran etapa que lo deja 4to en la clasificación general.
Pablo Quintanilla: « Una etapa muy difícil, sobre todo en la última parte. Me sentí muy bien, venia recuperando tiempo y veníamos tirando con Kevin. En el km 290 se me rompió el road book y me dedique a seguir a Benavides. »
Kevin Benavides: » Había que empezar a empujar, fue un día largo además llegamos muy justo con el combustible, por suerte llegamos bien y cerramos un día muy bueno. Lo importante es no perder la concentración. «
El Dakar dejó a un piloto más en el camino, el español Lorenzo Santolino debió abandonar tras una fuerte caída en los primeros km de la etapa. Por suerte Adrien Van Beveren y Luciano Benavides se detuvieron a asistir al piloto español. En cuanto al francés Van Beveren se le devolvió el tiempo y finalizó en la 5ta posición de la etapa.
Matthias Walkner finalizó en la tercera posición a 04´21″ del chileno, Toby Price y Van Beveren completaron los 5 primeros en la etapa.
Resultados de la Etapa 6 Arequipa – San Juan de Marcona (Motos):
| Pos | Piloto | Moto | Tiempos |
| 1 | PABLO QUINTANILLA | HUSQVARNA | 03H 50´47″ |
| 2 | KEVIN BENAVIDES | HONDA | +01´52″ |
| 3 | MATTHIAS WALKNER | KTM | +04´21″ |
| 4 | TOBY PRICE | KTM | +04´48″ |
| 5 | ADIREN VAN BEREVEN | YAMAHA | +05´48″ |
| 6 | RICKY BRABEC | HONDA | +07´30″ |
| 7 | STEFAN SVITKO | KTM | +08´20″ |
| 8 | ANDREW SHORT | HUSQVARNA | +13´54″ |
Clasificación General finalizada la Etapa 6 (Motos):
| Pos | Piloto | Moto | Tiempos |
| 1 | PABLO QUINTANILLA | HUSQVARNA | 20H 45´13″ |
| 2 | RICKY BRABEC | HONDA | +04´38″ |
| 3 | TOBY PRICE | KTM | +05´17″ |
| 4 | KEVIN BENAVIDES | HONDA | +08´01″ |
| 5 | ADRIEN VAN BEREVEN | YAMAHA | +09´32″ |
| 6 | MATTHIAS WALKNER | KTM | +10´46″ |
| 7 | SAM SUNDERLAND | KTM | +21´06″ |
| 8 | STEFAN SVITKO | KTM | +31´56″ |
